INVAP está organizado en Areas, de las cuales dependen los Proyectos Tecnológicos (PT) como ejecutores de los contratos, y los Centros de Costo (CC) como prestadores de servicios, internos y externos.

Los PT y CC son coordinados por jefes propuestos por la Gerencia de Area y aprobados por la Gerencia General respectivamente.

Los proyectos son temporales, duran lo que se establece por contrato, son independientes entre sí, cumplen objetivos específicos y satisfacen sus necesidades por medio de requerimientos a servicios tanto internos, como externos.

Los servicios internos son permanentes y brindan los recursos a los proyectos en las áreas disciplinarias específicas.

Los servicios externos brindan recursos en las áreas no cubiertas por los servicios internos y que son solicitados por los proyectos o por otros servicios internos.